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1. 一級質(zhì)譜和二級質(zhì)譜有什么區(qū)別？什么時候做一級，什么時候做二級？
答：一級質(zhì)譜鑒定的方式主要指胎指紋圖譜（PMF），即利用質(zhì)譜儀測量酶解片段的分子量并搜庫比較實現(xiàn)蛋白質(zhì)的鑒定，二級質(zhì)譜是在一級質(zhì)譜的基礎(chǔ)上再選擇部分肽段做進一步的破碎并對碎片進行深入分析和比較，鑒定出該肽段的序列并結(jié)合PMF的結(jié)果從而實現(xiàn)蛋白質(zhì)的鑒定。二級質(zhì)譜能夠得到部分肽短的序列，具有更高的可靠性。隨著現(xiàn)在雜志對數(shù)據(jù)的要求越來越嚴(yán)格，二級質(zhì)譜鑒定是蛋白鑒定的大趨勢，而且即使目前做一級質(zhì)譜鑒定的結(jié)果，也需要挑選部分PMF結(jié)果做二級質(zhì)譜驗證。
2. 研究的物種不是模式生物怎么辦？
答：可以參考親緣關(guān)系近的模式生物做比對而實現(xiàn)蛋白質(zhì)的成功鑒定，如果質(zhì)譜圖很好而沒有鑒定結(jié)果說明這是一個全新的蛋白，可以采用de-novo等技術(shù)做深入分析與鑒定。
3. 該如何評價質(zhì)譜效果的好壞？
答：做PMF一般得分超過60分（P<0.05）就算成功鑒定，而串聯(lián)質(zhì)譜，得分超過60分或者雖然沒有超過60分，但是有少一條肽段的得分超過30分就算成功鑒定。
4. 一些特殊的質(zhì)譜方法有什么用途？
答：質(zhì)譜的其它用途包括磷酸化位點分析、蛋白測序、混合蛋白鑒定（shotgun技術(shù)）以及分子量測定、二硫鍵位置分析等等。
5. 用什么染色方法比較好？
答：hao用考馬斯亮藍法進行染色，銀染也可以，但鑒定成功率稍低，并且推薦用串聯(lián)質(zhì)譜對銀染蛋白進行鑒定可以大大提高鑒定成功率。
6. 凝膠是否可以長期保存？該如何保持？對鑒定效果有影響嗎？
答：如果保存時間超過一個月，可以用保鮮膜包裹后放入冰箱保持，如果小于一個月，則可以常溫保持，不會影響質(zhì)譜鑒定效果。
7. 質(zhì)譜鑒定取膠點該如何??？有什么注意事項？
答：取點的時候?qū)?.2ml的槍頭前端剪去一點，用槍頭將凝膠戳取下來并轉(zhuǎn)移至0.5ml離心管中，用水將膠粒反復(fù)吸打沖洗兩至三次，后吸干離心管中所有水分封蓋保存。水用去離子水或者雙蒸水；取點的時候帶好口罩與手套，以免角蛋白污染。
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